La mañana del 16 de febrero de 1996 la delegación gubernamental para el diálogo y la negociación en Chiapas recibió un revés al ser informada de la decisión de la comandancia zapatista de firmar los acuerdos de la mesa sobre derecho y cultura indígenas de manera separada, esto es, que no se tomarían «la foto» con el gobierno. Esta postura resultó premonitoria. Hoy, nueve años después de los acuerdos de San Andrés, aún esperan su cumplimiento, y el resto de las mesas pactadas para el diálogo están en suspenso. No obstante, de la parte zapatista han logrado avanzar en la aplicación unilateral de los acuerdos referidos, a contrapelo de la contrarreforma indígena de 2001, sobre todo con la experiencia exitosa de la creación de las juntas de buen gobierno conocidas como caracoles. Y aun así el presidente Fox se atrevió a afirmar que el EZLN es cosa del pasado ; mucho antes que él, el Estado quiso lograr que los pueblos indígenas lo fueran e inclusive pretendió reducirlos a «ruinas arqueológicas» y, sin embargo, ahí están : unos y otros resisten y persisten.
Por otra parte, el Centro de Derechos Humanos Fray Bartolomé de las Casas AC (CDHFBC) presentó un informe sobre el virtual genocidio que se ha practicado no obstante que existe una Ley para el Diálogo, la Negociación y la Paz Digna en Chiapas. A partir del riguroso y valiente documento podemos dar cuenta de que el Ejército y los gobiernos sucesivos de Zedillo y Vicente Fox han realizado la guerra por otros medios, a pesar de que decretaron un cese al fuego unilateral el 12 de enero de 1994. Precisamente dentro de los otros medios de la contrainsurgencia encontramos a los grupos paramilitares que de manera probada, hoy reiterada por el informe aludido, han realizado el trabajo sucio en la tarea de «¡sacar el agua al pez !» y golpear y asesinar a población indígena en la zona de influencia del EZLN. Resultan así ligados los destinos de los acuerdos de San Andrés, que pudo ser la vía política y pacífica para atender las causas que dieron origen al conflicto armado y la respuesta paramilitar orquestada desde espacios de poder político y militar. En los hechos resultaron ser las dos caras de la misma moneda.
El ex presidente Ernesto Zedillo ha sido acusado ante la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH) por dar su anuencia al plan castrense de creación y apoyo a bandas paramilitares ; se incluye en la denuncia ante la CIDH a nueve generales que tuvieron mando en Chiapas. Si bien no implica el inicio de un juicio, que requeriría el agotamiento de recursos internos, han quedado formalmente presentados los informes relativos a la masacre de Acteal, entre otros crímenes.
El CDHFBC califica los delitos cometidos presuntamente por los grupos paramilitares en las zonas norte y Altos de Chiapas de delitos de «lesa humanidad» conforme al Estatuto de Roma, que establece la Corte Penal Internacional. «En la zona norte del estado, en la región ch’ol, entre 1995 y el año 2000 el grupo paramilitar Paz y Justicia asoló a la población con el apoyo del Ejército y Seguridad Pública.» Los resultados, miles de desplazados y decenas de desaparecidos y ejecutados. El CDHBC señala enfático :
«son claras consecuencias de la implantación de una política deliberada de Estado encaminada a cometer ataques generalizados y sistemáticos contra la población civil y con conocimiento de dichos ataques. Además de desaparición forzada de personas, por medio de la creación, financiamiento, adiestramiento y encubrimiento de grupos paramilitares que, de conformidad con la Convención Interamericana sobre Desaparición Forzada de Personas, es también un delito imprescriptible de lesa humanidad.»
Las primeras reacciones gubernamentales no auguran una respuesta a favor de la justicia ; sólo recordemos que el gobierno foxista suprimió la Unidad Especializada para la Investigación de Presuntos Grupos Civiles Armados que tenía la PGR, y en los hechos mantuvo la presencia militar desproporcionada en la zona, además de que, conjuntamente con el gobierno del estado de Chiapas, con su omisión y silencio no han cuestionado los resultados de los procesos penales abiertos a paramilitares, orientados a delitos del fuero común, desconociendo con ello la dimensión de crímenes de Estado.
El CDHFBC demandó la creación de una fiscalía especial autónoma «con capacidad de llamar a cuentas al Ejército Mexicano y de deslindar responsabilidades de Estado» ; en contraste, el secretario de Gobernación sugirió que el asunto debería abordarlo la fiscalía especial que indaga los crímenes de la guerra sucia «cometidos en el pasado», mientras que el comisionado para el diálogo y la negociación en Chiapas afirmó que el gobierno no ha apoyado a paramilitares (La Jornada, 11/2/05).
Ya hemos visto que lamentablemente el llamado gobierno «del cambio» no garantiza la justicia en ninguno de sus tiempos gramaticales.